《九阳神功》讲述了明朝初年，朱氏政权争斗引发天下大乱，经三代皇帝对武林的削弱策略，以及江湖儿女对侠义精神的捍卫，谱写出一段英雄辈出，从百花缭乱而到凋零陨落的悲怆历史。

（明初江湖乱）

       1375年（洪武八年），萧鸿万暗杀元朝名将王保保，掩护众人撤退受伏击身死。遗孀丁还凤将九岁次子萧天晴托孤故人萧千秋，随后自刎殉夫。

       1379年（洪武十二年），周逸萧、徐玉寒决裂，叶紫芝出世。次年，包晓生出世。

       1392年（洪武二十五年），江湖时局剧变，萧千秋年事渐高，意欲传位于二子萧天晴、萧离情。为让位于贤，萧离情出走，与梅庄独女梅君复相恋。

       1394年（洪武二十七年），萧离情、梅君复成婚，华山派周逸萧、神水宫水玉寒以当年定情宝剑“流云”“击水”赠与新人为贺礼。朱元璋自感风烛残年，向素有“鹤发童颜”之称的梅庄索要长生秘术遭拒，勃然大怒。

       1395年（洪武二十八年），武林正派接到密令围剿梅庄，梅庄满门覆灭，次日万苏山庄大火，萧离情葬身火海，时年26岁。萧千秋忧愤而死，萧天晴改名萧别情，接任万苏山庄，后在石砚冰、周逸萧协助下创立君子堂。水玉寒寻回萧离情、梅君复之佩剑。

       1398年（洪武三十一年），朱元璋驾崩，朱允炆继位，下令削藩。包晓生辞别师傅诸葛承下山，叶紫芝养母柳夫人病亡，养父叶玄真服药而死，遗言命叶紫芝重振叶家剑法。

       1399年（建文元年），包晓生为偷学叶家剑谱，唆使叶紫芝南下比剑，于姑苏郊外击败伊藤骏雄。因身佩“流云”“击水”二剑又神似故人，而被萧别情告知身世，回终南山后情绪失常，误杀前来送信的伊藤弟子柳生逐月，从此离庄出走。不久，燕王举兵造反。

       1401年（建文三年），朱棣至终南山密访包晓生，徐达义子徐斩倒戈加入燕王阵营。

       1402年（建文四年），朱棣攻占南京，建文帝自焚，徐斩生擒金绍武、曹震罡二将。

       1404年（永乐二年），包晓生高中状元，欧阳玉飞为探花，奉命建立四海山庄，先施计以《九阴真经》传闻破解天外天《九阳神功》之谣言，后召集正道歼灭魔教于光明顶。

（光明顶之战）

       1405年（永乐三年），韩如霜暴毙楼兰古城，朱棣命出海寻找建文帝。包晓生为庇护师父，私自散播内宫监郑和于龙江船厂丢失兵符，诱使江南盐帮伙同沿海倭寇前来窃取，虽借机铲除祸患，却受谗言引起朱棣猜忌。遂命锦衣卫介入四海山庄事务，副统领皇甫遥阴谋夺权，处处从中作梗，致使四海山庄在武林中名声扫地。

       1406年（永乐四年），江湖风波平息，朱棣欲取缔四海山庄，遭致包晓生反对。皇甫遥趁机弹劾包晓生心怀不满，朱棣顺水推舟，命禁军、锦衣卫查封四海山庄。徐斩被万箭射死，包晓生与叶紫芝重逢，有愧于往事而服毒自尽，并留书称锦衣横行，武林必乱。欧阳玉飞将徐斩、包晓生尸身偷去，不知所踪，四海山庄覆灭。朱棣故作惋惜，却不已为意。

（锦衣卫叛变）

       1407年（永乐五年），锦衣卫于纪纲、皇甫遥率领下打压武林中人，各门派皆敢怒不敢言，暗中休养生息。纪纲在皇甫遥阳奉阴违下日渐骄奢，私藏兵甲，招纳亡命之徒。

       1416年（永乐十四年），锦衣卫统领纪纲密谋造反遭揭发，朱棣下令将其凌迟处死。皇甫遥率领半生经营的锦衣卫旧部尽数反出南京，从此为祸江湖。而朱棣唯恐多年见不得光的机密也就此大白天下，预感武林又复大乱，为避其锋芒，下令修筑紫禁城。

       1420年（永乐十八年），江湖传言《九阴真经》重现，洛阳秦王府朱靖终于卸掉伪装暴露了天外天幕后主使之身份，即将接任武林盟主。而建文帝亦现身大漠鬼城，朱棣回忆起当年靖难之役，惶惶不可终日，正式迁都北京，并设置东厂，埋下宦官专权伏笔。

       1424年（永乐二十二年），朱棣驾崩，江湖之患愈演愈烈，武林之乱遗祸后世。